کله پاچه با وجود دارا بودن پروتئین و ویتامین‌ها، سرشار از کلسترول و اسیدهای چرب مضر است. کلسترول بعنوان چربی است که خاصیت رسوب كردن در عروق خونی بدن را داشته و در کنار سایر عوامل خطر منجر به انسداد و گرفتگی رگ شده و زمینه‌ساز بروز بیماریهای قلبی- عروقی، سکته و بسیاری دیگر از بیماریهای مزمن میشود.
شایان ذکر است که در میان قسمت‌‌های مختلف کله پاچه، مغز گاو و گوسفند محتوای کلسترول بیشتری دارند. بگونه‌ای که مغز گوسفند به اندازه ۸ زرده تخم مرغ کلسترول دارد و جزء مواد غذایی بسیار پرچرب محسوب میشود. از این رو کسانی که چربی خون بالایی دارند، کلسترول و اسید اوریک خونشان بالا است و مبتلا به نقرس و ناراحتی کلیوی هستند، باید از مصرف بی‌رویه کله‌پاچه اجتناب کنند.
بر‌خلاف تصور عمومی که کله پاچه را برای افرادی که ناراحتی‌‌های مفصلی و آرتریت دارند، مفید می‌‌دانند، محتوای بالای چربی‌‌های اشباع و ترانس موجود در کله پاچه فرایندهای التهابی موجود در این بیماران را بدتر کرده و توصیه نمی‌‌گردد.